Siniscola affonda le sue origini nell'età nuragica e vanta circa 30 siti archeologici risalenti a quel periodo, di cui una decina si presentano in ottimo stato di conservazione. Questi insediamenti testimoniano l'importanza strategica e culturale di un territorio che da millenni è abitato da comunità organizzate, capaci di sfruttare la vicinanza fra terra e mare. Le tracce lasciate dalle popolazioni nuragiche sono il punto di partenza di un racconto che attraversa epoche e civiltà.
Durante il periodo romano, Siniscola divenne un centro rilevante grazie alla posizione strategica sulla litoranea che collegava Cagliari e Olbia. Gli studiosi ritengono che l'antico "Portus Lugudonis" fosse situato nell'area costiera di Santa Lucia, fungendo da punto di sosta per i commerci e i viaggi lungo la costa orientale della Sardegna. I frammenti ritrovati nella zona, come ceramiche e monete, confermano la presenza di un insediamento attivo fino al tardo periodo imperiale. Questo legame con il mondo romano ha lasciato tracce indelebili, persino nel dialetto locale, caratterizzato da influenze latine.
Nel periodo alto medievale emerse l'attuale centro abitato di Siniscola, situato ai piedi del Monte Albo e vicino al Rio Siniscola. Il nome “Siniscola” deriva probabilmente dal termine "Fhiniscolae", che indicava un punto di confine, probabilmente legato al ruolo di presidio nel Giudicato di Gallura. Durante il Medioevo, Siniscola faceva parte della curatoria di Posada ed era il centro più a sud di questo distretto, con una posizione strategica che favoriva le relazioni sia interne sia costiere.
Le incursioni saracene segnarono profondamente la comunità locale. Per proteggersi dalle frequenti minacce, intorno al 1500 vennero costruite mura fortificate a difesa dell'abitato, alcune delle quali sono ancora visibili nelle vie principali. A testimonianza della rilevanza strategica sul mare, risalgono a quel periodo le torri di Santa Lucia e di San Giovanni, edifici imponenti che ancora oggi raccontano storie di avvistamento e protezione.
Nel 1326 il territorio di Siniscola passò sotto gli Aragonesi, diventando parte di un sistema feudale che esacerbò le disuguaglianze sociali ma mantenne l'importante ruolo strategico della zona. Successivamente, nel 1720, la Sardegna passò sotto il dominio della Casa Savoia. Durante il periodo sabaudo, si verificarono significativi interventi urbanistici e religiosi, come l’ampliamento e la costruzione di edifici ecclesiastici, tra cui la ricostruzione della chiesa di San Giovanni Battista nel 1750. Questi anni furono cruciali per dare a Siniscola la struttura urbana e il carattere che ancora oggi si percepiscono passeggiando nel centro storico.
Con l’Unità d’Italia, la storia di Siniscola si intrecciò con quella nazionale, affrontando le difficoltà e le trasformazioni economiche e sociali della modernità. Nel corso dell'Ottocento e dei primi decenni del Novecento, Siniscola si affermò come un importante crocevia di commerci e attività produttive, passando da un’economia prevalentemente agricolo-pastorale a un sistema più diversificato, capace di integrare l’artigianato e il turismo balneare.
Nel secondo dopoguerra, la bonifica della malaria e lo sviluppo delle aree costiere come La Caletta e Santa Lucia inaugurarono una nuova fase per la comunità. Oggi, Siniscola è un centro vivace e in crescita, capace di valorizzare le sue radici storiche e culturali, preservando al contempo il paesaggio naturale unico che la circonda. Il patrimonio tramandato da secoli di storia è un tesoro che arricchisce il presente, rendendo Siniscola una destinazione di straordinario fascino per ogni visitatore.